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Además escribió obras de carácter científico: Liber simplicis medicine o Physica, es una obra sobre medicina, dividido en nueve libros sobre las correspondientes propiedades curativas de plantas, elementos, árboles, piedras, peces, aves, animales, reptiles y metales. El más amplio de tales capítulos es el primero, dedicado a las plantas, lo que indica que Hildegard tenía amplio conocimiento en su aplicación terapéutica desde una perspectiva holística. En este libro aplica la difundida teoría médica medieval de los humores, que relaciona con la idea de que la constitución de los seres a partir del plan divino se realiza a través de cuatro elementos constitutivos, cuyo equilibrio determina la salud o enfermedad del individuo.

Así, a cada planta le otorga el correspondiente calificativo de su cualidad: robustus, siccus, calidus, aridus, humidus, etcétera.

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A su vez, el Liber composite medicine, o Cause et cure, trata sobre el origen de las enfermedades y su tratamiento.