HISTORIA
La tradición católica dice que los chichimecas fueron derrotados por los españoles en el cerro de Sangremal en una cruel batalla el 25 de julio de 1531 y que los indígenas se rindieron al ver en el firmamento una gran cruz y la imagen del apóstol Santiago. En ese sitio se construyó el templo y convento de la Santa Cruz en el siglo XVII.
Dentro del recinto se creó el "Colegio de Santa Cruz de Querétaro" por iniciativa de Fray Francisco de Jesús María, misionero franciscano que dedicó su vida a evangelizar a los pueblos nómadas del norte de la Nueva España y quien murió en 1696 a manos de una tribu indígena de Nuevo México
Ahí se inicia la evangelización de los indígenas que no aceptaron la cruz de madera que los españoles pusieron en el lugar. Esa cruz fue sustituida por una de cantera de gran tamaño y hoy se le conoce como Santísima Cruz de los Milagros.
Aquí los franciscanos se preparaban para las misiones entre los indígenas por todo el territorio mexicano. En este lugar se instituyó en primer Colegio de Propaganda FIDE, en el que se preparaban los religiosos para la misión. De este Colegio egresaron muchos frailes, siendo uno de los más importantes san Junípero Serra.
En el interior del convento se encuentra un sitio llamado "Patio de Aguas", ahí se localizan las pilas que servían para el uso doméstico que llegaban del Acueducto de la ciudad, por medio de tubos de barro cubiertos con vidrio.
Esta obra fue costeada por Pedro García de Acevedo y Calderón y se terminó en 1735.
En este lugar hay un jardín donde hay árboles con espinas en forma de cruz.
Los franciscanos, corno recuerdo de este acontecimiento, colocaron una cruz semejante a la que vieron los indígenas en un "humilladero", más tarde le erigieron una ermita, posteriormente una pequeña Capilla y a mediados del siglo XVII, se construyó en lo más alto de la Loma de San Gremal el pequeño convento de Recolección de San Buenaventura, hasta que se instala y se amplía este convento, que cambia su nombre original por el Primer Colegio de Propaganda Fide en América y comienza a funcionar el 15 de agosto de 1683. Los nombres de los frailes Antonio Linaz, Antonio Margil de Jesús. Francisco Frutos, Antonio de los Ángeles y muchos más, llenan las páginas mas gloriosas de este colegio que tiene trascendencia continental, porque ahí surgen los Cole gios de Cristo Crucificado en Guatemala, Guadalupe en Zacatecas, San Antonio en Texas, San Francisco en Pachuca San Fernando en México, Zapopan en Jalisco; de tal manera, que después de dos siglos de fecunda evangelización y culturización al Norte, Centro y Sudamérica, llegan estos colegios hasta cerca de Buenos Aires con el Co legio del Rosario, en Argentina. sin contar las veintiún Misiones de Fray Junípero Serra en la Alta California.
Este convento, que sus piedras no son mudas. porque no sólo hablan sino cantan epopeyas gloriosas, tiene leyendas que han arrullado la fe del pueblo de Querétaro, como aquella de que en una de tantas veces que llegó a este Convento cansado de sus fatigas misioneras Fray Margil de Jesús, clavó su bastón en uno de los huertos, retoñando de él un árbol raro, quizá de la familia de las rosáceas o de las leguminosas desérticas, que produce unas espinas en forma de cruz, de tal manera perfectas, que los visitantes se las llevan corno recuerdo o como reliquia.
El Convento de la Santísima Cruz de los Milagros de Querétaro se llama así, porque la cruz de cantera que se venera en éste y que se encuentra en el Altar Mayor, cu enta la leyenda que se construyó según el modelo que vieron los indígenas en el cielo el día de la conquista de Querétaro el 25 de julio de 1531.
En el México Independiente ha sido lugar de acontecimientos de gran relevancia política; aquí estuvieron presos varios conspiradores en 1810, entre ellos el Corregidor, Lic. don Miguel Domínguez; el 21 de julio de 1821 el Ejército Trigarante a las órdenes del Generalisirno don Agustín de Iturbide hizo capitular al brigadier Domingo Luáces, terminando así la dominación española en Querétaro y en toda esta región del Bajío. En 1857, por las leyes de Reforma, asó el Convento y todas sus pertenencias a formar parte de los bienes de la Nación; así mismo, del 13 al 15 de marzo de 1867, durante el Sitio de la ciudad, una de las celdas del Convento sirvió de habitación al Archiduque Fernando Maximiliano de Habsburgo a la vez que días después, del 15 al 17 del mismo mes y a& ntilde;o, se convirtió en su primera prisión.
También sirvió de cuartel de las tropas norteamericanas en la invasión de 1848, cuando se firmaron los Tratados de Guadalupe Hidalgo en esta ciudad.
A causa de las Leyes vigentes en aquellos tiempos de los destrozos que sufrió durante el Sitio de Querétaro, y otras circunstancias, ese esplendoroso Convento que dejaron los misioneros fra nciscanos quedó convertido en ruinas; sus muros derruidos, sus archivos y bibliotecas saqueados, y lo que antes fue objeto de admiración de propios y extraños, en estos años se convirtió en desolación, ruina y abandono. A pesar de ello el Gobierno Federal lo siguió destinado a Cuartel.
Casi un siglo después, y gracias a las gestiones que hizo el benemérito franciscano, fray Domingo Reséndiz haciendo entender a las autoridades civiles lo que representa este ed ificio no sólo para Querétaro sino para la historia nacional, se le devolvió a la Provincia Franciscana de los apóstoles San Pedro y San Pablo de Michoacán, parte del convento y otra mayor del amplísimo predio se destinó a construir la Escuela Primaria Naciones Unidas, una habilitándola a a secundaria y o tra, a primaria. Digno de rescatar, porque se lo merecen, es el gran amor y conciencia que han tenido los PP. franciscanos para conservar la herencia espiritual y material que representa este Convento venerable, y callada pero permanentemente han seguido la restauración de la mejor manera que han podido.
El templo y el convento de la Santa Cruz fueron construidos en lo que se conoció como Loma del Sangremal, en donde se libró la célebre batalla entre los indios chichimecas residentes de la región y los súbditos de España (conquistadores) el 25 de julio de 1531, donde cuenta la leyenda, que en lo más álgido de la batalla en que iban perdiendo los españoles comandados por Hernán Pérez Bocanegra y Córdoba y el grupo indígena Otomí comandado por Conín, que según el pacto solamente sería un simulacro de batalla, al verse perdidos invocaron la protección del Apóstol Santiago. Patrón de las Españas, y al momento se obscureció el sol, apareciendo estrellas y en lo alto del cielo se proyectó una cruz refulgente de color rosado y apareció también Santiago cabalgando un corcel blanco, lo cual le dio el triunfo a los que comandaba Conín cacique de Jilotepec ( posteriormente bautizado con el nombre de Fernando de Tapia
Cuartel de Maximiliano
Del 13 de marzo al 15 de mayo de 1867, el convento fue ocupado como cuartel general de Maximiliano de Habsburgo, para dirigir los remanentes del Ejército Imperial Mexicano ante las tropas republicanas que las sitiaron.